Il CNR IAS si avvale di una rete di laboratori distribuiti nelle diverse sedi, tra cui i laboratori di Ocenografia Operativa e Geologia Marina, Ecofisiologia degli organismi marini, Specie Protette e Marine Litter, Corrosione e biodeterioramento in ambiente Marino, Impatti Antropici, Biologia ed Ecologia della fauna ittica, Bioacustica per il Monitoraggio dell’ambiente marino, di Biotecnologie e Tecniche di Biologia Molecolare, di Oceanografia Biologica, di Ecologia e gestione sostenibile dell’ambiente marino, di Ecologia del comportamento animale, di Biogeochimica dei sedimenti marini e di oceanografia chimica, di Acustica applicata alla valutazione delle risorse marine, di Ecologia e Biologia degli organismi marini, di Tecnologie e Sensoristica marina, di Ricostruzioni cetologiche, laboratorio Mobile di diagnostica a supporto delle operazioni di monitoraggio e restauro in situ per la conservazione dei beni culturali, un centro di testing di dispositivi per il monitoraggio delle risorse biologiche del mare.